Kod muškaraca klamidija najčešće uzrokuje nespecifični (negonokokni) uretritis, upalu mokraćne cijevi. Više od polovice svih nespecifičnih uretritisa uzrokovano je klamidijom (u adolescentnih muškaraca i više), pa klamidijske genitalne infekcije predstavljaju jednu od najčešćih spolno prenosivih bolesti današnjice.
Nakon spolnog odnosa s inficiranom osobom, inkubacija (vrijeme od ulaska uzročnika u organizam do pojave prvih znakova bolesti) traje 1 do 3 tjedna. Posebnost klamidijskih uretritisa i ostalih nespecifičnih uretritisa relativno je blaga klinička slika koja se manifestira svijetlim (ponekad oskudnim) iscjetkom iz uretre, uz mogućnost blagih smetnji s mokrenjem (smetnje mokrenja u vidu pečenja, učestalijeg nagona za mokrenjem ili osjećaja otežanog i isprekidanog izlaska mokraće) i eventualno crvenilom i vlaženjem vanjskog ušća uretre na samom vrhu spolovila.
Simptomi bolesti mogu biti blagi, jedva primjetni, a često potpuno izostaju. Zbog toga infekcija može prijeći u kronični oblik, pri kojem se može primijetiti povremeni svijetli iscjedak ili pokoja ili niti jedna od navedenih smetnji mokrenja. Kronična faza ne znači, međutim, nestanak bolesti, već nasuprot tome, kronični klamidijski uretritis može dovesti do komplikacija u smislu prostatitisa, epididimitisa (upala pasjemenika) te u određenim slučajevima, može biti uzrok neplodnosti muškarca.
Muškarci (isto kao i žene) s neprepoznatom i neliječenom klamidijskom genitalnom infekcijom predstavljaju trajni izvor infekta i rezervoar širenja bolesti. Kako je većina klamidijskih infekcija i u muškaraca asimptomatska, često su neotkrivene i, ne znajući, prenesene ženskim partnericama. Za razliku od žena koje nakon neliječene klamidijske infekcije razvijaju ozbiljne bolesti s trajnim posljedicama po reproduktivno zdravlje, muškarci razvijaju manje trajnih zdravstvenih posljedica, možda i zato što u muškaraca češće dolazi do spontane eradikacije klamidije.
Dijagnoza klamidijske infekcije, kao i u žena, može se postaviti samo na temelju specifičnih testova na klamidiju iz brisa uretre ili urina. Simptomi, u slučaju da ih ima, te klinički znakovi infekcije niti u muškaraca nisu specifični i na tememlju njih se ne može postaviti dijagnoza klamidijske infekcije.
Epididimitis (epididymitis) (upala pasjemenika) je neuobičajeno mjesto infekcije i predstavlja svega oko 2% svih genitalnih klamidijskih infekcija u muškaraca, no oko 70% epididimitisa u adolescentnih muškaraca je uzrokovano klamidijom. Simptomi uključuju jednostranu bol testisa i skrotuma, vrućicu, otok, a uretritis može također biti prisutan. Klinički znakovi uključuju osjetljivost i povećanje epididimisa.
Anorektalna klamidijska infekcija javlja se najčešće u muškaraca koji imaju spolne odnose s muškarcima, odnosno u onih koji imaju receptivne analne seksualne odnose. Naravno, može se javiti i u žena koje imaju takve spolne odnose. Većina bolesnika nema simptome, a ako su simptomi prisutni uključuju rektalni iscjedak, krvarenje i bol pri defekaciji.
Postoje i latentne, relativno rijetke komplikacije klamidijske genitalne infekcije u smislu autoimunosti zbog sličnosti nekih klamidijskih antigena s ljudskima. Primjer takve bolesti je Reiterov sindrom, koji se sastoji od uretritisa, promjena na oku, zglobovima i koži.
Reiterov sindrom (poznat i pod nazivima reaktivni artritis ili klamidijski artritis), je postinfektivni autoimuni poremećaj koji se razvije u 1% do 3% muškaraca s nespecifičnim uretritisom. Klasični simptomi se sastoje od konjunktivitisa, uretritisa, artritisa i dermatitisa. Simptomi se javljaju 3 do 6 tjedana nakon urogenitalne infekcije, a većina slučajeva se povuče unutar 2 do 6 mjeseci. U nekih bolesnika bolest se javlja ponovno.
Upala očne spojnice - konjunktivitis. Klamidijski konjunktivitis nastaje direktnim kontaktom s infektivnim sekretima tijekom seksualnih aktivnosti ili autoinokulacijom. Oko 1% pacijenata s urogenitalnom klamidijskom infekcijom ima infekciju oka i pojavu simptoma koji uključuju jednostranu bol oka, crvenilo i sekret iz oka.
Limfogranuloma venereum. Limfogranuloma venereum je spolno prenosiva bolest, najčešća u muškaraca dobi 20 do 30 godina i uzrokovana je klamidijskim serotipovima L1, L2 i L3. Najveća prevalencija je u Africi, Aziji i Južnoj Americi, a u Europi je vrlo rijetka. Bolest se manifestira bolovima limfnih čvorova u preponama, u dvije trećine jednostrano, neki pacijenti imaju i opće simptome kao vrućicu, zimicu, zakočenost šije, bolove u mišićima i zglobovima.