HZJZ: Jačanje nacionalnih WGS i RT-PCR kapaciteta

U Hrvatskom zavodu za javno zdravstvo (HZJZ) je u sklopu Referentnog centra Ministarstva zdravstva za virološku dijagnostiku infekcija dišnog i probavnog sustava pokrenut proces uspostavljanja laboratorija za sekvenciranje visokog kapaciteta za javnozdravstvene potrebe koje uključuju praćenje epidemija zaraznih bolesti na regionalnoj, nacionalnoj i EU razini te praćenje prekograničnih bolesti i pandemija.

U sklopu projekta pribavljen je uređaj za sekvenciranje nove generacije (NGS, eng. next generation sequencing) kao i automatizirani sustav za pripremu uzoraka za sekvenciranje te ostala pomoćna oprema i pripadajući potrošni materijal.

Analiza podataka dobivena prilikom obrade uzoraka uz pomoć nabavljene opreme zahtijeva odgovarajuću računalnu infrastrukturu za obradu i pohranu podataka te se u tu svrhu planira i unaprjeđenje postojećih kapaciteta.

Za učinkovit nadzor epidemije SARS-CoV-2 važno je uspostaviti centralnu analizu podataka dobivenih sekvenciranjem kao i pravovremeno izvještavanje nadležnim hrvatskim i europskim institucijama te međunarodnim bazama analiziranih sekvenci.

Također je u planu izrada nacionalne baze i vizualizacijskog alata koji koristi podatke iz GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data database) baze podataka.

Reprezentativni i ciljani SARS-CoV-2 pozitivni uzorci dostavljat će se na tjednoj razini iz svih laboratorija koji izvode izravnu COVID-19 dijagnostiku lokalnih zavoda za javno zdravstvo i ostalih zdravstvenih ustanova.

Ovaj sustav je već implementiran, omogućen je suradnjom s Europskim centrom za sprječavanje i kontrolu bolesti (ECDC), a temelji se na aktualnim smjernicama za praćenje promjena u genomu te pravovremene detekcije SARS-CoV-2 varijanti.